Ruotsi-Suomen kuningas Kustaa Vaasa perusti Helsingin vuonna 1550. Kaupunki perustettiin kilpailemaan Tallinnan kukoistavan hansakaupungin kanssa. Helsinki ei kuitenkaan kasvanut odotetulla tavalla. Sinne oli pakkosiirretty väestöä, joka sai myöhemmin luvan muuttaa takaisin kotiseuduilleen. Venäjä miehitti kaupungin vuoden 1713 sodassa, jota alettiin myöhemmin kutsua isoksivihaksi. Ennen sitä Helsinkiä olivat koetelleet pulavuodet, nälkä, levottomuudet ja rutto.
20 vuotta myöhemmin venäläiset miehittivät Helsingin uudelleen niin kutsutun pikkuvihan aikana. Joitakin vuosia tämän miehityksen jälkeen kaupunkia alettiin kehittää varovasti moderniksi kaupungiksi, jollainen se nykyään on. Kehitystä tapahtui Suomenlinnan linnoituksen rakennustöiden myötä. Rakennustöitä johti ruotsalaisupseeri Augustin Ehrensvärd. Ensimmäisten 60 vuoden ajan Suomenlinna oli tehokas suoja Venäjää vastaan, mutta Ruotsi hävisi Suomenlinnan lisäksi Venäjälle koko Suomen vuonna 1808 käydyssä Suomen sodassa. Suomi itsenäistyi vasta vuonna 1917. Hieman sen jälkeen Suomessa puhkesi sisällissota. Helsinkiä pommitettiin rajusti toisen maailmansodan aikana.
Helsingin metro vihittiin käyttöön vuonna 1982, ja kaupunki valittiin yhdeksi Euroopan vuoden 2000 kulttuuripääkaupungeista.
